부작용으로는 복부 팽창, 지난친 포만감, 설사, 복통, 복부 가스, 탈수, 구토, 어지러움, 메스꺼움, 변비, 위경련이나 장혜색, 저혈당 유사 증상이나 영양실조 등의 반응을 보이는데 이러한 증상들은 대부분 곤약의 식이섬유 때문에 나타난다.
곤약은 장운동에 부담을 주며 발효를 촉진하고 가스형성을 활발하게 만들어 식이섬유 자체로 복부 내 포만감은 주지만 장운동은 안되어 가스가 차 이러한 증상을 보이게 된다.
곤약은 100g당 10kcal밖에 되지않아서 신체에 에너지 공급이 안되고 비타민이나 미네랄 성분이 거의 없고 단백질, 지방, 당질 등 3대 영양소가 거의없어 식이섬유가 가지고있는 성분때문에 미네랄 성분의 흡수를 방해해 영양실조나 저혈당 유사 증상을 보이게된다.
곤약은 보조 역할로만 활용하여 섭취하고 곤약 외 다른 음식들과 함께 곤약만 많이 섭취하지 않는걸 추천한다.